Το σημερινό όνομα της νήσου προέρχεται από το αρχαιοελληνικό Σάμος, που σημαίνει «ύψος κοντά στο γιαλό» και ήταν μία από τις ονομασίες της κατά την αρχαιότητα, σύμφωνα με τον Ηρόδοτο.

Το όνομα του νησιού είναι ευρύτατα γνωστό λόγω του αγάλματος της πτερωτής Νίκης (Νίκη της Σαμοθράκης), που βρίσκεται σήμερα στο Λούβρο των Παρισίων και χρονολογείται από το 220-190 π.Χ. Εικάζεται ότι το άγαλμα ήταν ανάθημα των Ροδίων στους Μεγάλους Θεούς για κάποια θαλάσσια νίκη και ανακαλύφθηκε τεμαχισμένο σε 118 κομμάτια, διάσπαρτα στην περιοχή του ιερού τους, το 1863 από το Γάλλο αρχαιολόγο Charles Champoiseau.

Η Σαμοθράκη κατοικούνταν από τα προϊστορικά χρόνια, όταν γεννήθηκε η μυστηριακή θρησκεία των Καβείρων που καθιέρωσε το νησί ως ένα από τα μεγαλύτερα θρησκευτικά κέντρα της αρχαιότητας. Αργότερα, κατά τον 7ο αιώνα, ήρθαν στο νησί οι πρώτοι Έλληνες, αιολικής καταγωγής. Η σημερινή Παλαιάπολη, αποτελούσε κατά την αρχαιότητα το σημαντικότερο κέντρο του νησιού, το οποίο κυβερνιόταν από «βασιλέα», λάτρευε ως προστάτιδα την Αθηνά και έκοβε δικό του αργυρό νόμισμα. Στη συνέχεια η Σαμοθράκη πέρασε στην εξουσία των Μακεδόνων και των Ρωμαίων. Ο Περσέας, ο τελευταίος βασιλιάς της Μακεδονίας, επέλεξε το νησί ως τελευταίο καταφύγιο του πριν πέσει στα χέρια των Ρωμαίων. Κατά το Μεσαίωνα, στα πλαίσια της Βυζαντινής αυτοκρατορίας, το νησί αποτελούσε τόπο εξορίας, και δεχόταν συχνά επιδρομές ξένων, Σλάβων, Σαρακηνών ή άλλων πειρατών. Για προστασία από τις επιθέσεις χτίστηκε το κάστρο της Χώρας καθώς και οι πύργοι-βίγλες στην Παλαιάπολη και το Φονιά.

Στην εποχή της Ευρωπαϊκής Αναγέννησης και στα νεότερα χρόνια η Σαμοθράκη γνώρισε σοβαρές δοκιμασίες: την κυριαρχία από τους Γενουάτες Gattilusi το 1430 και την κατάκτηση από τους Τούρκους το 1479. Ιδιαίτερα η τελευταία κατάκτηση οδήγησε σε δραματική μείωση του πληθυσμού, που το 17ο αιώνα περιοριζόταν στους 800 μόλις κατοίκους. Την ανοδική πορεία του επόμενου αιώνα ακολούθησε η επανάσταση του 1821, όταν οι Τούρκοι έσφαξαν το μεγάλο μέρος των εξεγερμένων κατοίκων. Όμως το νησί κατάφερε να αναγεννηθεί οικονομικά και πληθυσμιακά και το 1912 ενώθηκε με την Ελλάδα. Μετά τη δοκιμασία του Β’ Παγκοσμίου πολέμου ακολούθησε η αιμορραγία της μετανάστευσης. Τελικά όμως η Σαμοθράκη για άλλη μια φορά ορθοπόδησε και σήμερα αριθμεί περίπου 2500 κατοίκους.